Các bằng chứng sớm nhất về sinh hoạt của loài người trong và quanh khu vực Manila được phát hiện thông qua các tranh khắc đá Angono thuộc tỉnh Rizal lân cận, có niên đại từ khoảng năm 3000 TCN. Người Negrito thuộc chủng tộc Australoid là các cư dân nguyên thủy của Philippines. Họ hiện diện trên khắp Luzon trước khi những người Mã Lai-Đa Đảo nhập cư đến và đồng hóa họ.[11]

Vương quốc Maynila trở nên hưng thịnh và hậu kỳ triều Minh nhờ các quan hệ mậu dịch trực tiếp với Trung Quốc. Tondo Cổ duy trì địa vị là kinh đô theo truyền thống của quốc gia, các quân chủ của nó là quốc vương và không chỉ là những tù trưởng, và được gọi với các tên khác nhau như panginuan trong tiếng Meranau hay panginoón trong tiếng Tagalog. Hoàng đế Trung Hoa nhìn nhận các quân chủ Manila cổ là "vương". Trong thế kỷ 13, thành phố gồm có một điểm định cư kiên cố và phố mậu dịch bên bờ sông Pasig. Đế quốc Ấn Độ hóa Majapahit trên đảo Java sau đó xâm chiếm Manila theo như ghi chép trong Nagarakretagama, theo đó người tiến hành chinh phạt là quân chủ Hayam Wuruk.[12]

Trong thời gian trị vì của Quốc vương Bolkiah từ 1485 đến 1521, Vương quốc Brunei xâm chiếm khu vực với mục đích tận dụng quan hệ mậu dịch với Trung Quốc của Tondo, lập nên "Kota Saludong" (nay là Manila). Họ cai trị và gửi cống phẩm hàng năm cho Quốc vương Brunei với tình trạng là quốc gia vệ tinh.[13] Họ lập nên một Triều đại mới dưới quyền thủ lĩnh địa phương, người này chấp nhận Hồi giáo và trở thành Rajah Salalila hay Tariq Sulayman I. Hồi giáo được củng cố hơn nữa khi có các thương nhân Hồi giáo đến từ khu vực Ả Rập-Ấn Độ và Đông Nam Á.[14]

Nhà chinh phục người Tây Ban Nha Miguel López de Legazpi đến từ Tân Tây Ban Nha (nay là Mexico), và sau đó cai trị thành phố Manila như một lãnh thổ của Tân Tây Ban Nha với việc thành lập một hội đồng thành phố tại nơi mà nay là quận Intramuros vào ngày 24 tháng 6 năm 1571.[15] Người Tây Ban Nha lập Manila làm thủ đô của Đông Ấn thuộc Tây Ban Nha. Kế hoạch Tondo có sự tham gia của các thương gia Nhật Bản, các vương của Luzon và một số Datu và Rajah cùng với Vương quốc Brunei với mục đích tiêu diệt người Tây Ban Nha và các lính đánh thuê người da đỏ, nô lệ châu Phi và các đồng minh Visaya. Tuy nhiên, kế hoạch thất bại và López de Legazpi cho hành quyết quân chủ bản địa.

Manila trở nên nổi tiếng với tuyến mậu dịch thuyền buồm Manila-Acapulco kéo dài trong ba thế kỷ, đem hàng hóa từ châu Âu, châu Phi và Mỹ Latinh qua các đảo Thái Bình Dương đến Đông Nam Á, rồi từ đó có thể tiếp cận với Trung Quốc và Ấn Độ, cũng như theo hành trình ngược lại. Bạc khai thác tại Mexico và Peru được dùng để đổi lấy tơ lụa Trung Quốc, ngọc Ấn Độ, cùng các gia vị của Đông Nam Á, một số còn được đưa đến châu Âu. Tương tự, rượu vang và ôliu từ châu Âu và Bắc Phi cũng được đưa đến Manila thông qua Mexico.[16]

Trong thời gian diễn ra Chiến tranh Bảy Năm, Anh Quốc chiếm đóng Manila từ năm 1762 đến 1764.[17] Cuối cùng, người Anh triệt thoái theo các điều khoản của Hiệp định Paris (1763).[18] Việc Mexico độc lập vào năm 1821 đòi hỏi người Tây Ban Nha phải trực tiếp cai trị Philippines.[19] Dưới sự quản lý trực tiếp của Tây Ban Nha, ngân hàng, công nghiệp và giáo dục trở nên hưng thịnh hơn so với hai thế kỷ trước.[20] Sự thịnh vượng và giáo dục ngày càng phát triển thu hút người nhập cư Ấn Độ, Trung Quốc, Latinh, châu Âu và từ các tỉnh khác của Philippines đến Manila, tất cả họ đều lựa chọn thuộc dân tộc Filipino mới hình thành.[21]

Sau Chiến tranh Tây Ban Nha-Mỹ năm 1898, Tây Ban Nha chính thức nhượng Philippines cho Hoa Kỳ. Đệ nhất Cộng hòa Philippines đặt nền tảng tại Bulacan gần đó chiến đấu chống lại người Mỹ nhằm kiểm soát thành phố Manila,[22] song thất bại.

Dưới quyền cai quản của Hoa Kỳ, Chính phủ của Quần đảo Philippines mà đứng đầu là Toàn quyền William Howard Taft mời nhà quy hoạch đô thị Daniel Burnham giúp chuyển đổi Manila cổ thích nghi với thời đại.[23] Kế hoạch Burnham Plan gồm có phát triển hệ thống đường bộ, sử dụng đường thủy để vận chuyển, và chỉnh trang Manila bằng việc cải thiện bờ sông, xây các công viên, đại lộ và các tòa nhà phục vụ các mục đích khác nhau.[24][25]

Trong Chiến tranh thế giới thứ hai, thành phố bị quân đội Nhật Bản chiếm đóng vào ngày 2 tháng 1 năm 1942. Liên quân Hoa Kỳ và Philippines tái chiếm thành phố trong trận chiến đẫm máu nhất trên chiến trường Thái Bình Dương trong đại chiến, kéo dài từ 3 tháng 2 đến 3 tháng 3 năm 1945. Có khoảng 100.000 thường dân thiệt mạng tại Manila trong tháng 2 năm 1945.[26] Kết thúc đại chiến, hầu như toàn bộ các công trình kiến trúc trong thành phố đều bị phá hủy do giao tranh, việc tái thiết được tiến hành.

Năm 1948, Tổng thống Elpidio Quirino chuyển trụ sở chính phủ Philippines đến thành phố Quezon, nguyên là ngoại ô tại đông bắc Manila.[27] Arsenio Lacson được bầu làm thị trưởng dân cử đầu tiên của thành phố vào năm 1952, Manila trải qua "thời kỳ hoàng kim" dưới nhiệm kỳ của ông,[28] và được tái sinh. Các thị trưởng kế tiếp là Antonio Villegas và Ramon Bagatsing (một người Ấn Độ-Philippines). Các thị trưởng Lacson, Villegas, và Bagatsing thường được gọi chung là "tam đại nhân của Manila", họ quản lý thành phố trong giai đoạn 1952–1986, có đóng góp cho phát triển và tiến bộ của thành phố.

Dưới chế độ độc tài của Tổng thống Ferdinand Marcos, khu vực Đại Manila được thành lập vào ngày 1 tháng 11 năm 1975 với tình trạng là một đơn vị hợp nhất. Khu vực bao gồm các thành phố và thị trấn có chính quyền riêng biệt.[29] Trong dịp kỷ niệm 405 ngày thành lập thành phố, vào 24 tháng 6 năm 1976, Ferdinand Marcos phục hồi tình trạng thủ đô của Manila do tầm quan trọng lịch sử. Sắc lệnh tổng thống số 940 ghi rằng Manila luôn là thành phố hàng đầu Philippines trong vai trò là trung tâm mậu dịch, thương nghiệp, giáo dục và văn hóa.[30]

Năm 1992, Alfredo Lim trở thành thị trưởng gốc Hoa đầu tiên của Manila, ông nổi tiếng với các chiến dịch chống tham nhũng. Thị trưởng kế tiếp là Lito Atienza, người này nổi tiếng với chiến dịch "Buhayin ang Maynila" (Phục hưng Manila), trong đó thành lập một vài công viên và cải tạo các cơ sở hạ tầng xuống cấp trong thành phố. Alfredo Lim đắc cử thị trưởng năm 2007 khi đánh bại con trai của Lito Atienza là Ali Atienza, và ngay lập tức đảo ngược toàn bộ các dự án của Lito Atienza[31] Trong cuộc tuyển cử địa phương năm 2010, Alfredo Lim lại giành chiến thắng trước Lito Atienza. Đến năm 2013, cựu Thổng thống Joseph Estrada đánh bại Alfredo Lim trong cuộc đua tranh chức thị trưởng.